Перейдите в раздел Закупки -> Документы и нажмите на кнопку "Завести новый документ".

Выберите тип документа "Счет на предоплату" 

Ввод данных аналогичен получению нового счета-фактуры.

Из полученного счета на предоплату можно завести новый счет от поставщика. Данная опция расположена в нижней части формы.

В последствии, для зачета сделанной предоплаты в качестве оплаты полученного счета нажмите на кнопку Добавить оплату и перейдите на вкладку Использовать предоплату.