В рамках работы с программой понятия предоплата (или аванс) и переплата являются разными. Для каждой из них предусмотрен отдельный бухгалтерский счет.

Работа с предоплатой на примере продаж обычно строится путем выписки счета на предоплату, получения денег, выписки финального счета и затем зачета полученной предоплаты. После полного завершения сделки счет на предоплату можно закрыть.

Для предоплат поддерживается выделение НДС в момент оплат (в случае кассового метода в счете на предоплату).

Переплата же обычно образуется в результате выверки банка, для продаж - в случае получения сумм, которых нельзя отнести ни к какому документу (для этого в форме платежа есть соответствующая кнопка "Добавить как переплату").

При выписке счета существующую переплату можно зачесть в момент проведения счета (чекбокс "Использовать переплату") или после как один из вариантов оплат.

Переплата как и предоплата выделяется отдельной строкой в сверке расчетов с контрагентом.

Посмотреть все переплаты в разрезе контрагентов можно через выписку по контрагентам, выбрав счет переплаты.

Все предустановленные для использования по-умолчанию счета доступны в Настройки -> Бухгалтерия -> Счета по умолчанию.