1) Аннулировать можно только счёт по которому нет оплаты.
2) Перейти в список Документы/Все документы и открыть счёт для аннулирования.
3) Нажать на кнопку Аннулировать и подтвердить операцию.
4) Счёт и проводка будут аннулированы, счёт и проводка не будут участвовать во всех отчётах, но будут доступны в списке счетов и регистре проводок для удаления или копирования данных в новый счёт.