Перейдите в раздел Продажи -> Документы и нажмите на кнопку "Завести новый документ".

Выберите тип документа "Счет на предоплату" 

Ввод данных аналогичен созданию нового счета-фактуры.

Из счета на предоплату можно создать новый счет-фактуру. Данные опции расположены в нижней части формы.

"Записать как черновик" создаст новый счет в статусе Черновик. В последствии, для зачета полученной предоплаты в качестве оплаты счета нажмите на кнопку Добавить оплату и перейдите на вкладку Использовать предоплату.

"Провести/Использовать предоплату" создаст новый счет, проведет его и сразу сделает зачет предоплаты.